ในวิธีช่วยการมีบุตรทุกวิธีนั้น ยังไม่สามารถทำให้คู่สมรสที่มารับการรักษาทุกรายสมหวังได้ ดังนั้นคู่สมรสส่วนใหญ่จึงมีโอกาสที่จะต้องเผชิญกับความผิดหวัง ซึ่งอาจมีผลต่อสุขภาพจิตใจ ทำให้เกิดความรู้สึกหดหู่และท้อแท้ได้ แต่อย่างไรก็ตามโอกาสของการตั้งครรภ์จะเพิ่มขึ้นพร้อมกับจำนวนรอบของการ รักษา รวมทั้งการที่ได้รับคำปรึกษาแนะนำอย่างใกล้ชิดให้คู่สมรสได้เข้าใจทุกแง่มุม ของการรักษา ทั้งก่อนที่จะเริ่มขั้นตอนการรักษาและตลอดระยะเวลาที่เข้ารับการรักษาแล้ว ก็พอที่จะช่วยให้คู่สมรสเผชิญกับความผิดหวังที่อาจเกิดขึ้นได้ ถ้าในรอบการรักษานั้นยังไม่ประสบผลสำเร็จ

ผลข้างเคียงอีกประการที่พบได้บ่อยๆคือการตั้งครรภ์แฝด ซึ่งจะมีผลกระทบต่อคู่สมรสมีบุตรยากบางคู่ทั้งทางด้านสังคม และเศรษฐกิจของครอบครัว เพิ่มอัตราความเสี่ยงของการแท้งบุตร หรือการคลอดก่อนกำหนดและเด็กมีน้ำหนักตัวน้อย ส่วนผลข้างเคียงที่อาจพบได้และอาจเป็นอันตรายก็คือการเกิดสภาวะที่เรียกว่า Ovarian Hyperstimulation Syndrome ( OHSS ) ซึ่งเป็นผลจากยาที่ใช้ในการกระตุ้นไข่ ทำให้รังไข่ถูกกระตุ้นมากเกินไป มีผลให้เกิดอาการปวดท้อง อึดอัด คลื่นไส้ อาเจียน หายใจลำบาก ซึ่งถ้าเกิดอาการดังกล่าวก็จำเป็นต้องมาพักที่โรงพยาบาลเพื่อให้อยู่ในการ ดูแลที่ใกล้ชิดจากแพทย์ผู้เชี่ยวชาญเท่านั้น ในปัจจุบันผลข้างเคียงดังกล่าวมีโอกาสเกิดขึ้นน้อยมาก เพราะแพทย์มีวิธีการที่จะหลีกเลี่ยง ป้องกันไม่ให้เกิดได้แล้ว