หลังจากผู้ป่วยได้รับการเตรียมสภาพและได้รับการปลูกถ่าย ต้องใช้เวลานาน 2-3 สัปดาห์กว่าที่ stem cell ใหม่จะเริ่มปลูกติด ผู้ป่วยต้องพักรักษาตัวในโรงพยาบาล ที่ศูนย์ปลูกถ่ายฯในห้องเดี่ยวปลอดเชื้อ ซึ่งติดตั้งเครื่องกรองเชื้อโรค ฝุ่นละอองแบบประสิทธิภาพสูง และเป็นแรงดันบวก ผู้ป่วยต้องได้รับการใส่สายสวนเส้นเลือดดำใหญ่เพื่อเป็นทางให้ยา ให้เลือด ให้ stem cell ให้สารน้ำ และเป็นทางให้ผู้ป่วยได้รับการดูดเลือดตรวจทุกวัน ผู้ป่วยได้รับการเฝ้าระวังป้องกันรักษาภาวะแทรกซ้อน ต้องได้รับยาป้องกันการติดเชื้อ ต้องได้รับเลือดและเกร็ดเลือดที่ผ่านการเตรียมอย่างพิเศษ ได้รับยาช่วยกระตุ้นการปลูกถ่ายติดและยากดภูมิต้านทานเพื่อป้องกันภาวะ GvHD ผู้ป่วยบางรายต้องได้รับสารอาหารทางหลอดเลือดด้วย ผู้ป่วยมักต้องพักอยู่ในโรงพยาบาลนานประมาณ 6-8 สัปดาห์จึงจะฟื้นตัวแข็งแรงพอที่จะสามารถกลับบ้านได้ จากนั้น แพทย์จะนัดติดตามอาการและผลเลือดแบบผู้ป่วยนอก เป็นระยะๆ อย่างต่อเนื่อง